甘肃秦州珍稀水生野生动物国家级自然保护区管护中心主要职责：

 一、贯彻执行国家、省、市自然保护方面的方针政策和法律法规，拟定保护区发展规划、工作计划和管理制度，并负责实施。

 二、负责开展伤病、搁浅或误捕的大鲵及其他濒危野生动物收容与救治工作。

 三、组织开展保护区内大鲵和其他水产种质资源调查、动植物物种普查及环境监测等工作，建立资源数据库。

 四、负责开展保护区内大鲵及其他野生动物疫源、疫病的监测与防控工作。

 五、组织开展国家方针政策及相关法律法规及自然环境和自然资源保护基本知识宣传教育工作。

 六、依法开展保护区内有关大鲵及其他国家保护野生动植物资源的违法案件的查处工作。